L'intrigue se déroule treize années après celle du premier volet et la disparition du célèbre écrivain Alan Wake. Ce deuxième volet est présenté comme un jeu d'horreur de survie psychologique à la vue à la troisième personne et met de nouveau en scène Alan Wake, mais également l'agente du FBI Saga Anderson, dans deux histoires distinctes qui peuvent être jouées dans n'importe quel ordre choisi par le joueur.